新鲜银杏果的果皮中含有大量银杏酸，有很强的致敏性。剥果皮时，有机酸入侵皮肤，可致皮肤红肿、瘙痒、起皮疹等症状，严重者甚至引起过敏性休克。
有过敏史或易过敏体质的人最好不要采摘、清洗和食用银杏果，以免过敏。市民在采摘和清洗白果的过程中，最好戴橡胶手套；不要用触碰了银杏果的手，挠身体的其他部位；一旦出现过敏症状，马上用冷水冲洗，尽快到医院就诊。
银杏果是常用的中药药材，可用于治疗咳嗽、痰多、气喘，还有一定的降压作用，但其入药十分讲究，需经多道程序炮制才可达到入药标准。银杏果有毒，小儿生吃10颗即可能致死，因此，切不可生食，煮熟的银杏果也不能多吃。
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