在牛奶的收集和运输过程中，难免会受到微生物的污染。按食品卫生法的规定，每毫升特级牛奶含菌量不超过5000个，甲级牛奶介于5000个到10000个之间。也就是说，每袋225毫升的特级牛奶中，含菌量可达100万个之多，每袋甲级牛奶中含菌量更在100万到200万之间。虽然其中大部分是非致病菌，但实际上难免鱼龙混杂，会含有少量致病菌。在乳品加工场中，尽管对原料乳要进行巴氏消毒（65℃历时30分钟），能杀灭绝大多数致病菌，但偶尔也会有少数细菌未被杀灭，这些“漏网分子”将会利用牛奶的丰富营养，不断发展壮大。实验证明，在0℃的环境下，原料乳能保质48小时，5℃为36小时，10℃为24小时，20℃时仅为6小时。因此在购买牛奶时要注意，如果有“超高温”字样的牛奶可放心饮用，不必加热；而其他牛奶最好加热后再喝。
微波炉加热牛奶并不适宜
因为微波的穿透力并不大，因此会造成近杯壁的牛奶已接近沸点，而中间的牛奶还是冰的，这样就达不到消毒杀菌的作用。而且用微波加热，往往只能控制加热的时间和微波的强度，无法事先掌握其温度（温度的高低不仅取决于微波的强度和时间，而且还与牛奶的多少、杯子的形状有关），为了防止溢出，微波炉加热牛奶的时间往往偏短，所以只能用来使牛奶变暖，达不到杀菌的目的。但是，现代生活的快节奏越来越离不开微波炉，尤其是早餐的时候，更加追求速度和便捷，用微波炉加热牛奶就成为最常见的现象。关于用微波炉热牛奶是否会破坏牛奶的营养成分问题，关键在于加热时间的长短。因为微波炉的加热速度极快，而保存牛奶营养成分的温度不能太高。据有关资料显示，微波炉的杀菌能力主要来自于热力效应和生物效应。热力效应能使细菌的细胞蛋白质受热变性凝固，导致细菌死亡。如果用微波炉加热牛奶时间过长，会使牛奶中的蛋白质受高温作用，由溶胶状态变成凝胶状态，导致沉积物出现，影响乳品质量。牛奶加热的时间越长、温度越高，其中营养的流失就越严重，主要是维生素，其中维生素C流失得最厉害，其次是乳糖。
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