超音速反舰导弹的优点非常突出，具有制导精度高、突防能力强、破坏威力大等特点。但是其速度这把“双刃剑”导致超音速反舰导弹一问世便“先天不足”。它的体积和质量大，携载不便，红外、雷达特征典型，被对方观察系统发现的距离较远。另外，它的制导系统反应时间短，易受对方软对抗措施影响。当然，它的成本高，主要是源于材料的特殊性和巨大的燃料消耗，以及生产技术要求高带来的生产成本高。有研究表明，超音速反舰导弹的耗费要比亚音速反舰导弹高1.5倍。
而亚音速反舰导弹则存在速度慢、突防能力弱、对敌方舰船的破坏性差等“痼疾”。
随着各国反导技术的发展，特别是硬对抗措施的巨大发展，各型反导舰炮、中近程反导导弹对亚音速反舰导弹已经具有良好的拦截能力。但是亚音速反舰导弹之所以仍受到美欧各国的青睐，则是和其与生俱来的先天优势分不开。亚音速反舰导弹具有质量轻、成本低、红外信号特征低、抗干扰能力强，易实现多枚导弹同时攻击同一目标以及再攻击能力等优点。
比较亚声速与超声速反舰导弹，速度虽是影响反舰导弹发展和改进作战能力的重要因素，却不是全部和唯一的因素。在未来的反水面作战中，亚声速和超声速方案的主要依存关系，将既不是传统的“主从”关系，也不是简单的“取代”关系，而是一种优势互补关系。
因此，按照“亚超并举，聚焦高超”的发展原则，建成一个既可以发挥各自优势，又能够在联合或协同作战中按优势互补原则，形成最佳火力配置的反舰导弹武器体系，才是反舰导弹今后发展的正道。
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